211service.com
Tre frågor till J. Craig Venter
Genomforskaren och entreprenören J. Craig Venter är mest känd för att vara den första personen som sekvenserade sitt eget genom, redan 2001.
I år startade han ett nytt företag, Human Longevity, som har för avsikt att sekvensera en miljon mänskliga genom till 2020, och i slutändan erbjuda webbaserade program för att hjälpa människor att lagra och förstå deras genetiska data (se Microbes and Metabolites Fuel an Ambitious Aging Project ) .
J. Craig Venter
Venter säger att han hittills har sekvenserat 500 människors genom, och att frivilliga också börjar genomgå ett antal tester som mäter deras styrka, hjärnstorlek, hur mycket blod deras hjärtan pumpar och, säger Venter, nästan allt som kan mätas om en person, utan att skära upp dem. Denna information kommer att matas in i en databas som kan användas för att upptäcka kopplingar mellan gener och dessa egenskaper, såväl som sjukdomar.
Men det kommer att kräva en del massiv datakrossning. För att få dessa färdigheter rekryterade Venter Franz Och , maskininlärningsspecialisten som leder Google Translate. Nu kommer Och att tillämpa liknande metoder för att studera genom i en datavetenskaps- och mjukvarubutik som Venter håller på att etablera i Mountain View, Kalifornien.
Anställningen kommer precis som Google själv har lanserat en liknande klingande ansträngning för att börja samla in biomedicinsk data (se What’s a Moon Shot Worth These Days). Venter kallar Googles planer på en biomedicinsk databas för ett babysteg, en mycket mindre version av vad vi gör.
Vad som är tydligt är att genomforskning och datavetenskap kommer samman på nya sätt och i mycket större skala än någonsin tidigare. Vi frågade Venter varför.
Hur har vi det inom genomik?
Enligt min åsikt har det inte skett ett betydande antal framsteg. En anledning till det är att genomik följer en lag med mycket stora siffror. Jag har haft mitt genom i 15 år, och det finns inte mycket jag kan lära mig eftersom det inte finns så många andra att jämföra det med.
Varför anlitade du en expert på maskinöversättning som din främsta dataforskare?
Hittills har det inte funnits programvara för att jämföra mitt genom med ditt genom, än mindre med en miljon genom. Vi vill komma till en punkt där det tar några sekunder att jämföra ditt genom med alla andra. Det kommer att krävas mycket arbete för att göra det.
Google Translate började som en långsam algoritm som tog timmar eller dagar att köra och var inte särskilt exakt. Men Franz [Och] byggde en maskinlärande version som kunde gå ut på webben och hitta varje artikel översatt från tyska till engelska eller vice versa, och lära av dem. Och sedan optimerades det, så det fungerar på millisekunder.
Jag övertygade Franz, och han övertygade sig själv, att att förstå det mänskliga genomet i den skala som vi försöker göra det kommer att bli en av de största översättningsutmaningarna i historien.
Hur är att upptäcka sambandet mellan gener och sjukdom som att översätta språk?
Allt i en cell härrör från din DNA-kod, alla proteiner, deras struktur, oavsett om de varar i sekunder eller dagar. Allt det är förprogrammerat i DNA-språk. Sedan översätts det till livet. Folk kommer att bli mycket förvånade över hur mycket av en DNA-programvara vi är.