211service.com
Söker efter ledtrådar för sjukdomar i genetisk mångfald
Under de senaste åren har forskare upptäckt hundratals genetiska varianter kopplade till sjukdom. Men den stora majoriteten av den forskningen har fokuserat på människor av europeisk, asiatisk och afrikansk härkomst. En ny ansträngning för att katalogisera genetisk mångfald bland människor i Mexiko – som tillsammans med andra latinamerikaner har en unik härkomst – skulle kunna kasta ljus över sjukdomar som påverkar dessa grupper oproportionerligt, och på varför vissa läkemedel kan fungera mer eller mindre effektivt i dessa populationer. Forskningen kan också hjälpa till att avslöja sällsynta genetiska varianter som är ansvariga för en betydande del av den genetiska risken för sjukdom.
Smältning kan: En ny ansträngning för att studera genetisk mångfald hos latinamerikaner, särskilt i Mexiko, kan belysa sjukdomar, såsom typ 2-diabetes, som drabbar denna grupp oproportionerligt.
Om personlig medicin ska bli ett globalt fenomen måste forskare förstå genomet för alla världens befolkningar, säger Gerardo Jimenez-Sanchez , tidigare chef för National Institute of Genomic Medicine, i Mexiko. (Institutet, skapat 2004 och känt under akronymen INMEGEN , är analog med U.S. National Human Genome Research Institute.)
Latinamerikaner är ett relativt ungt - cirka 500 år gammalt - amalgam av tre stora kontinentala grupper - europeiska, indianer och afrikanska - och utgör cirka 15 procent av världens befolkning. Inom det området finns så mycket miljömässig och genetisk variation att du verkligen kan utnyttja den inneboende mångfalden till din vetenskapliga fördel, säger Esteban Burchard , en läkare och forskare vid University of California, San Francisco. Till exempel, om en viss sjukdom är mycket vanligare i en förfädersgrupp, behöver forskare bara screena DNA som ärvts från den gruppen hos en person med blandad härkomst. Det minskar avsevärt mängden DNA som måste undersökas för att hitta gener kopplade till sjukdomen.
Forskare hoppas kunna fånga en del av den mångfalden med det nyligen tillkännagivna Slim Initiative for Genomic Health, ett partnerskap på 65 miljoner dollar mellan Broad Institute, ett genomikforskningsinstitut i Cambridge, MA, och Carlos Slim Health Institute, en ideell organisation baserad i Mexico City. Forskningen kommer att fokusera på den genetiska grunden för typ 2-diabetes i mexikanska och latinamerikanska populationer, såväl som på cancergenomik över hela världen.
Det mesta arbetet med diabetes gjordes i europeiska befolkningar, och mycket kommer att läras av att titta på andra populationer, säger Erik Lander , direktör för Broad. Även om de grundläggande mekanismerna är desamma i alla populationer, kommer särskilda genetiska varianter att vara olika, så det blir lättare att hitta några gener i vissa populationer. Typ 2-diabetes förekommer särskilt högt i latinamerikanska populationer, och det finns anledning att tro att indianernas bidrag till genpoolen har en viss effekt, tillägger han. Även om de specifika detaljerna i initiativet fortfarande planeras, kommer det att omfatta både gensekvensering och mikroarraybaserade studier. Mycket av det inledande arbetet kommer att göras på Bredet.
Den nya forskningen kommer att bygga på de senaste försöken att katalogisera Mexikos genetiska mångfald. Förra året publicerade Jimenez och medarbetare en mexikansk version av HapMap, en karta över vanliga genetiska variationer, i Proceedings of the National Academy of Sciences . Den ursprungliga HapMap, färdigställd 2005 och utvecklad delvis vid Broad, gjorde det möjligt för forskare att designa DNA-mikroarrayer prickade med dessa vanliga variationer. Dessa chips har använts för att screena tiotusentals människors genom för att söka efter genetiska variationer som förekommer oftare hos personer med specifika sjukdomar.
Men den ursprungliga HapMap uteslöt nästan helt indianer, till stor del på grund av politiskt motstånd från ursprungsgrupper. Och de flesta latinamerikaner är en del indianer - en nyligen genomförd studie i Mexico City fann att 70 procent av deltagarnas härkomst var indianer, säger Burchard. Det betyder att HapMap inte gäller för samtida Latino-befolkningar, säger han.
Det första utkastet av den mexikanska HapMap har redan avslöjat en unik fördelning av genetiska variationer, kallade SNPs (single nucleotide polymorphisms). Vi kan tydligt se olika komponenter i inblandningsmönstret i den mexikanska befolkningen, säger Jimenez. Vi kan också observera att den mexikanska befolkningen är en mängd blandningar från de individer som är mycket europeiska till de som är mycket inhemska. Forskare kommer att använda denna information för att utforma framtida studier som mer effektivt kan identifiera sjukdomslänkade gener.
Forskare använder nu kartan för att analysera mexikansk härkomst – landet är hem för 65 inhemska grupper – och för att genomföra genomomfattande associationsstudier av hjärt-kärlsjukdomar, fetma, typ 2-diabetes och åldersrelaterad makuladegeneration. Preliminär forskning avslöjade en genetisk variation kopplad till höga nivåer av kolesterol och triglycerider som verkar vara vanlig endast hos latinamerikanska människor.
Jimenez, som är ordförande för Biotechnology Commission för Organisationen för ekonomiskt samarbete och utveckling, säger att resultaten kommer att visa sig viktiga för det växande området för personlig medicin och för läkemedelsföretag som utvecklar genetiskt riktade läkemedel. Du kan inte extrapolera risken för sjukdomar från européer, säger han. Du måste se till att du utvecklar produkter och tjänster baserade på den genetiska sammansättningen av mexikanska befolkningar. Genomisk medicin är inget vi kan utveckla i USA och exportera till världen.