Hur en Wiki håller direkt till konsumentgenetik vid liv

När Meg DeBoe bestämde sig för att använda sin julfond för att beställa ett konsument-DNA-test på $99 från 23andMe förra året, blev hon besviken: det kom utan information om vad hennes gener sa om hennes chans att utveckla Alzheimers och hjärtsjukdom. Rapporten grävde bara ner i hennes genetiska släktforskning, möjliga släktingar och etniska rötter.

Det beror på att bara en månad tidigare, i november 2013, hade Food and Drug Administration slagit ner mot 23andMe. Gentestningsföretagets populära DNA-hälsorapporter och smarta TV-annonser var olagliga, sades det, eftersom de aldrig hade godkänts av byrån.

Men DeBoe, a mamma bloggare och författare till barnböcker, hittade ett sätt att få den hälsoinformation hon ändå ville ha. Använder en lågbudget webbtjänst som kallas Promethean , hon betalade $5 för att ladda upp sin råa 23andMe-data. Inom några minuter tittade hon på en rapport med poster som delar upp hennes gener i Dåliga nyheter och Goda nyheter.

När tiotusentals andra söker liknande information om deras genetiska disposition, laddar de in sin DNA-data på flera föga kända webbplatser som Promethease, som som standard har blivit de största leverantörerna av genetiska hälsovårdstjänster för konsumenter i USA – och nästa möjliga mål för nervösa regulatorer.

Efter tillslaget från FDA byter konsumenter information om var man kan lära sig om sina gener. Låt inte mannen stoppa dig, sa en.

Promethease skapades av ett litet tvåmansföretag som drivs som ett sidoprojekt av Greg Lennon, en genetiker baserad i Maryland, och Mike Cariaso, en datorprogrammerare. Det fungerar genom att jämföra en persons DNA-data med poster i SNPedia, en spretig offentlig wiki om mänsklig genetik som paret skapade för åtta år sedan och som drivs med hjälp av några dussin frivilliga redaktörer. Lennon säger att Promethease används för att bygga så många som 500 genrapporter om dagen.

Många människor kommer direkt från 23andMe. Efter att dess hälsorapporter blockerades klagade konsumenterna argt över FDA på företagets Facebook-sida, där de också laddade upp länkar till Promethease-webbplatsen och kallade det en lösning, ett sätt att få uttömmande medicinsk information i rapporter som är liknande, men inte som Söt. Stämningen var en av civil olydnad. Låt inte mannen hindra dig från att bli genotypad, skrev en.

FDA är försiktig med personlig genomik för även om DNA-data är lätt att samla in, är dess medicinska betydelse mindre säker.

Konsument-DNA-tester avgör vilka vanliga versioner av de 23 000 mänskliga generna som utgör din individuella genotyp. Eftersom vetenskapen kopplar dessa varianter till sjukdomsrisk, har tanken varit att genotyper kan förutsäga din chans att få cancer eller hjärtsjukdom, eller förlora din syn. Men att förutsäga risk är knepigt. De flesta gener säger inget avgörande om dig. Och om de gör det kan du mycket väl önska en läkare vid din sida när du får reda på det. Jag tror inte att den här typen av riskbedömning är tillräckligt mogen för att vara en konsumentprodukt ännu, säger David Mittelman, chief scientific officer för Gene by Gene, ett genetiskt laboratorium som utför tester.

Med undantag för 23andMes hälsorapporter, citerade FDA också faran att felaktiga tolkningar av gendata kan leda till att någon söker sig till onödig operation eller tar en överdos av läkemedel. Kritiker av beslutet sa att det hade mer att göra med frågor om huruvida konsumenter ska ha rätt att få genetiska fakta utan att gå igenom en läkare. Det är en nästan filosofisk fråga om hur medicin kommer att levereras, säger Stuart Kim, professor vid Stanford University som hjälpte till att utveckla en DNA-tolkningswebbplats som heter Interpretome som en del av en klass han undervisar i genetik. Kommer det att koncentreras av medicinska föreningar, eller ute på Internet så att människor kan interagera?

Nu är en fråga om Promethease och liknande sajter kan, eller borde, bli nästa mål för tillsynsmyndigheter. Lennon tror att hans tjänst ligger utanför FDA:s räckhåll, eftersom den inte erbjuder ett spottkit eller utför själva DNA-tester utan fungerar som en litteratursökningstjänst, som presenterar en version av vad som finns i vetenskapstidskrifterna. Reglera oss, säger Lennon, och du måste också stänga av WebMD och Wikipedia.

Nås av MIT Technology Review , sade FDA att den har befogenhet att reglera programvara som tolkar genom, även om sådana tjänster ges bort gratis. Verket kommenterar inte specifika företag.

Vi vet att de känner till oss, säger Lennon. De har inte knackat på vår dörr. Vi vet inte om de kommer och knackar på imorgon.

Genresultat

Promethease kan analysera resultaten av genotyptest som säljs lagligt för $99 till $199 av en mängd olika släktforskningsföretag, inklusive 23andMe, Ancestry.com och National Geographic's mänskliga anor projekt . Flera andra webbplatser som endast kan tolkas, inklusive Interpretome, LiveWello och Genetic Genie, analyserar också resultaten av dessa tester, som tillhandahålls kunder som en textfil som innehåller en lista över genetiska variationer.

För Barbara Evans, professor vid University of Houston Law Center, är idén att människor kan samla in DNA från ett företag och analysera det någon annanstans en betydande juridisk utveckling. Tidigare var det samma labb som testade dig som skulle berätta för dig vad resultaten betydde. Men DNA-information är i huvudsak digital. Det betyder att den kan plug and play var som helst. Det kommer att bli ganska svårt att reglera, förutspår Evans. Hon tror att tjänster som Promethease skulle kunna åberopa yttrandefrihetsargument och andra rättsliga försvar om tillsynsmyndigheter någonsin närmade sig dem.

Det är inte rimligt att tro att det finns något specifikt datum - den 18 maj 2035 - som genomet kommer att vara vettigt, och det är den dagen du får se det.

MIT Technology Review testade flera tolkningsbara webbplatser med DNA-data från anonyma donatorer publicerade offentligt av Personal Genome Project, ett datadelningsinitiativ som startat av Harvard Medical School. Alla platser rapporterade snabbt genvarianter som fanns i filerna, även om antalet rapporterade varianter varierade, från så få som 35 till så många som 17 667 för Promethease. Vissa av rapporterna var också mer detaljerade än andra.

Två av webbplatserna verkade utformade för att styra användare mot alternativ medicin. Genetic Genie, en gratistjänst som innehåller annonser för vitaminer, rapporterade de minsta generna i vad den kallade en avgiftningsprofil. LiveWello debiterade $19,95 och inkluderade fler gener, samt länkar till vetenskapliga rapporter. Den sajten uppmanade dock användarna att få en förklaring av resultaten genom att kontakta kiropraktorer, dietister och kroppsvårdare vars telefonnummer den gav.

En skärmdump av en genrapport skapad av Promethease. Rapporten visar misstänkta medicinska effekter av en persons gener.

Promethease-rapporten var den mest detaljerade, även om dess klumpiga, nakna design inte är lätt att använda. Den organiserar en persons genetiska variationer under kategorier som medicinska tillstånd och mediciner. Användare kan sedan klicka för att se information om individuella gener som vetenskaplig forskning har föreslagit kan höja eller sänka deras risk för läkemedelsreaktioner, vanliga sjukdomar eller personlighetsdrag såsom brist på empati.

Informationen i rapporten liknar den i 23andMes förbjudna Personal Genome Service, men det finns skillnader. Promethease gör små ansträngningar för att kombinera de genetiska riskerna för en sjukdom till ett enda begripligt antal. Det gör rapporten mer som ett virrvarr av fakta än en diagnos. Lennon säger att detta är avsiktligt. Han säger att 23andMe gick på skakig vetenskaplig mark genom att försöka slå samman risker till en snygg poäng.

Alla vill sälja ett enkelt svar: ’Här är din risk.’ Men vi vet inte hur dessa saker samspelar, säger han. Samtidigt menar han att DNA-informationens osäkra värde inte är en anledning att hålla den borta från lekmän. Det är inte rimligt att tro att det finns något specifikt datum - den 18 maj 2035 - som genomet kommer att vara vettigt, och det är den dagen du får se det, säger han.

För närvarande måste konsumenterna klara sig själva i ett snår av vetenskaplig information - och fatta sina egna beslut om risker. För DeBoe, bloggaren, innebar detta att ge lite perspektiv och sunt förnuft till rapporten hon köpte från Promethease. Det berättade för henne att hennes versioner av 11 gener innebar en viss ökad risk för bröstcancer, och en sänkte den. Men hon var inte orolig, för det visar sig att det inte är riktigt ovanligt. Det är inte en kristallkula. Jag tror att många gör det misstaget, säger hon. Som sagt, jag gick in i det och ville veta några specifika saker: om jag hade en hög risk [eller] genetisk predisposition för hjärtsjukdomar, diabetes eller Alzheimers. Det gör jag inte, vilket var lättande.

Att avgöra om hennes lättnad verkligen är motiverad kan kräva hjälp av en utbildad genetiker. Åtminstone är det den nuvarande uppfattningen av FDA och medicinska föreningar. Men DeBoe tog rapporten till sin läkare. Det stod att hon hade en gen för koffeinkänslighet, och DeBoe säger att hennes läkare gick med på att hon skulle hålla sig till koffeinfritt och undvika droger som Novocain. Jag tror att det är så folk borde använda det här - som en konversationsstartare med medicinsk personal, säger hon.

Under radarn

För Lennon och Cariaso representerar det ökade intresset för Promethease och SNPedia en triumf för en enkel inställning till genetik. 2006, samma år som 23andMe grundades, lanserade de SNPedia som en sida som skulle låta dem – och alla andra – hålla koll på vad vetenskapen lärde sig om varje genvariant. Lennon säger att webbplatsen var modellerad på Wikipedia. Det var genomets löfte, att det skulle vara för alla, säger han.

Idag håller SNPedia koll på cirka 57 000 genvarianter (kända som single-nucleotide polymorphisms, eller SNPs) med hjälp av några dussin frivilliga. En frekvent bidragsgivare är James Lick, en entreprenör som äger två Subway-smörgåsfranchises i Taipei. Lick, som är adopterad, säger att han blev intresserad av genetik när han letade efter sina födelseföräldrar och nu spenderar några timmar i veckan på att uppdatera SNPedia. Förra månaden skapade han en ny notering för en gen som heter NGLY1, och lade till en länk till till New York-bo artikel som diskuterade genen och dess roll i en sällsynt barnsjukdom. Till skillnad från det statligt drivna dbSNP, som spårar miljontals varianter oavsett om något är känt om dem eller inte, fokuserar SNPedia på varianter som har kända effekter på en person. Det är inte allt – bara det som är intressant och där någon går igenom besväret att skapa en sida, säger Lick.

Konsumenter måste klara sig själva i ett snår av vetenskaplig information – och fatta egna beslut om risker.

Insatsen har varit lågmäld; SNPedia är mest en plats för vad Cariaso kallar rekreationsgenomik. Lennon, som hade surat på riskkapital, ville inte heller att investerare skulle vara inblandade. Som ett resultat överskuggades deras arbete av 23andMe, som samlade in 126 miljoner dollar och anställde mer än ett dussin doktorandgenetiker för att sammanställa sina egna genlistor. Dess VD, Anne Wojcicki, som är gift med Googles grundare Sergey Brin, hamnade på tidningens omslag, och en styrelseledamot förutspådde att hennes start skulle bli den personliga hälsovårdens Google.

Det blev inte så. Och efter FDA:s åtgärd för att blockera 23andMes rapporter, ökade trafiken till webbplatser som endast tolkade. Interpretome, som underhålls av Konrad Karczewski, en postdoktor vid Massachusetts General Hospital, har nu 80 till 100 besökare per dag, dubbelt så många som förra året. Ännu fler är på väg till Promethease. Lennon säger att sajten har i genomsnitt mellan 50 och 500 rapporter per dag, inklusive en gratisversion och en betalprodukt som går snabbare. Han kommer inte att bli för specifik om siffrorna eller säga hur mycket pengar Promethease tjänar. Vi är lite blyga för att säga hur mycket affärer vi gör, säger han.

Det kan bero på en önskan att inte väcka tillsynsmyndigheter. FDA har ett brett utrymme för handling men väljer ofta att ignorera små operatörer som böjer reglerna, särskilt om de undviker att göra uppenbara hälsopåståenden. Men Cariaso och Lennon kan inte säga att de inte förutsåg problem. När allt kommer omkring döpte de sin programvara efter Prometheus, titanen som trotsade gudarna genom att stjäla eld från berget Olympen och ge den till mänskligheten. (Enligt myten blev han senare straffad och kedjad vid en sten för evigheten.)

Eld är kunskap om ditt eget DNA, säger Cariaso. Gudarna är alla som skulle försöka hindra mig från att veta om mig själv.

Dölj