211service.com
Humant genom förorenat med mykoplasma-DNA
Tidigare i år meddelade molekylärbiologer det 20 procent av databaserna över icke-mänskliga genom är kontaminerade med mänskligt DNA , förmodligen från forskarna som sekvenserade proverna.
Nu har det mänskliga genomet i sig blivit förorenat. Bill Langdon vid University College London och Matthew Arno vid Kings College London säger att de har hittat sekvenser från mykoplasmabakterier i den mänskliga genomdatabasen.
Denna förorening har långtgående konsekvenser. Bioteknikföretag använder den mänskliga genomdatabasen för att skapa DNA-chips som mäter nivåer av mänskliga genuttryck. Langdon och Arno säger att de har hittat mykoplasma-DNA i två kommersiellt tillgängliga mänskliga DNA-chips.
Alla som använder dessa chips för att mäta mänskligt genuttryck mäter också omedvetet mykoplasma-genuttryck också.
På vissa sätt är detta knappast någon överraskning. Det är välkänt att mykoplasmakontamination är utbredd i molekylärbiologiska laboratorier, säger Langdon och Arno. Med lite tur kommer upptäckten av det här i databasen för mänskligt genom att fokusera sinnena på problemet.
En nyckelfråga är arten av denna typ av informationsöverföring. Dessa mykoplasma-gener är helt klart framgångsrika i att reproducera sig själva in silico. En möjlighet är att vi ser början på en helt ny typ av infektionslandskap.
Här kan gener som kan maskera sig som människor (eller faktiskt som andra organismer) framgångsrikt överföra sig själva från en databas till en annan. Och om vi tänker på detta som virtuell infektion, är det säkert att vi kommer att oroa oss för virtuell utveckling inom en snar framtid.
Men vad ska man göra? Nivån av förorening och hur den sprider sig tyder på att forskare förlorar kampen för att eliminera den. Vi... fruktar att nuvarande verktyg kommer att vara otillräckliga för att fånga upp gener som har hoppat över kiselbarriären, säger de.
Mest skrämmande av allt är möjligheten att Langdon och Arno bara har skrapat på ytan. Efter att ha hittat två misstänkta DNA-sekvenser verkar det troligt att den publicerade mänskliga genomsekvensen innehåller mer, säger de.
Om virtuell infektion verkligen är ett så stort problem som Langdon och Arno föreslår, kan vi mycket väl behöva skydda databaser med den genomiska versionen av antivirusprogram, ett slags virtuellt immunsystem.
Men detta i sig kommer sannolikt att utlösa en evolutionär kapprustning som väljer ut gener som är mest kapabla att slå skyddsåtgärderna.
Det är klart att det här är en nässla som måste greppas snabbt. Det är om det inte redan är för sent.
Ref: arxiv.org/abs/1106.4192 : Mer möglig data: virtuell infektion av det mänskliga genomet