211service.com
En startup använder molnet för att reda ut DNA
Sedan Human Genome Project avslutades 2003 har en rad tekniska framsteg gjort det snabbare och billigare att sekvensera ett mänskligt genom. Men det finns fortfarande ett stort problem: vad gör du med all den datan när du väl har redit ut den?
DNA-analytiker: Andreas Sundquist var med och grundade DNAnexus, ett företag som använder cloud computing för att analysera sekvenserat DNA.
För Andreas Sundquist är svaret att skicka det till molnet. Sundquist är VD och medgrundare av DNAnexus , en mjukvarustartup som positionerar sig mellan DNA-sekvenseringsanläggningar och de som behöver hantera och hämta information från sekvenserade genomer – inklusive akademiska forskare, läkare och bioteknik- och läkemedelsföretag.
Ju mer och mer data du producerar snabbare och billigare, desto mer är flaskhalsen – som tidigare var själva DNA-sekvenseringen – faktiskt nu datahanteringen, säger han.
Sundquist ser sitt företag som ett omedelbart online-genomikcenter, som erbjuder kunder omedelbar tillgång till stora förråd av DNA-data och till analysverktyg så att de kan förstå allt – och potentiellt komma med bättre behandlingar för cancer och genetiska sjukdomar, såväl som identifiera genetiska kopplingar till sjukdomar som autism och alkoholism.
Så här fungerar det: Ditt labbs data laddas upp till DNAnexus via en webbläsare eller skickas via en DNA-sekvenseringsmaskin ansluten till internet. Det sitter sedan på ditt molnbaserade konto (företaget använder Amazons och Googles molntjänster). Du loggar in på kontot på din dator för att se data och använder DNAnexus verktyg för att analysera den.
Så småningom hoppas Sundquist att DNAnexus kommer att sammanföra massor av olika genetiska databaser (som för tillfället tenderar att existera på egen hand, utan att vara kopplade till andra), hjälpa forskningsinsatser, läkemedelsupptäckter och skapandet av läkemedelsinriktade diagnostiska tester.
Och Sundquist förväntar sig att marknaden för Mountain View, Kalifornien-baserade DNAnexus tjänster kommer att växa dramatiskt. Han uppskattar att cirka 20 000 fullständiga genom redan har sekvenserats över hela världen och förutspår att detta kommer att stiga till en miljon om flera år eftersom priset och tiden som krävs fortsätter att falla (just nu uppskattar han att processen tar ungefär en dag och kostar ungefär 4 000 USD) . All denna data kommer att uppgå till mer än en exabyte data – en miljard gigabyte – och hundratusentals centrala bearbetningsenheter kommer att behövas för att analysera det hela, uppskattar han.
DNAnexus är inte det enda företaget som satsar på denna tillväxt. David Dooling , biträdande direktör för Genome Institute vid Washington University i St. Louis, påpekar att flera andra företag erbjuder molnbaserade DNA-analystjänster också, inklusive Belysa .
Jag tror att det verkligen är bra att det finns människor som försöker göra analys mer tillgänglig för ett bredare samhälle, säger Dooling. Jag tror att det är ett svårt värdeförslag eftersom många människor försöker göra det nu.
Om Sundquists förväntningar slår ut kommer det att finnas mycket arbete att gå runt. Han förväntar sig att miljontals genom kommer att sekvenseras under de kommande tre åren. Om 10 år, tror han, kommer alla i den utvecklade världen att få sitt genom sekvenserat som en del av sina journaler, och att många barn kommer att få sitt genom sekvenserat när de föds.
En dag snart, när du går till labbet och gör ett test, kommer några av dessa tester i princip att vara programvara som körs på genomet som redan är en del av ditt register, säger han.
Detta betyder inte att vi alla snart kommer att plocka ett hårstrå eller svabba en kind och skicka iväg det till ett labb för att få våra genomer sekvenserade. Enligt Sundquists syn på framtiden kommer det att bli ännu enklare än så. Jag tror nog att du sticker tummen i mobilen så kommer den att vara inbyggd, säger han och flinar. Jag är säker på att iPhone 10 kommer att ha en DNA-sekvenseringsmodul.