211service.com
En canceratlas för att förutsäga hur patienterna kommer att klara sig
Att förstå de genetiska förändringarna i tumörer som skiljer de mest dödliga cancerformerna från mer godartade kan hjälpa läkare att bättre behandla patienter.
Idag lanserar svenska forskare en ny katalog med öppen tillgång som kartlägger många av dessa genetiska förändringar. Denna atlas kopplar tusentals specifika gener involverade i många cancerformer till patientöverlevnad och avslöjar också potentiella nya läkemedelsmål.
Den nya atlasen är en av flera pågående ansträngningar för att förstå data som har samlats in av offentliga databaser - som National Cancer Institute's Cancer Genome Atlas - som fungerar som förråd för tumörprover. Målet är att samla in praktisk information, som sjukdomsmarkörer, som kan användas för att utveckla cancerläkemedel och diagnostik.
För att skapa atlasen använde forskare under ledning av Mathias Uhlén, professor i mikrobiologi vid Kungliga Tekniska Högskolan i Sverige, en superdator för att analysera 17 huvudtyper av mänskliga cancerformer från nästan 8 000 tumörprover. Uhlén säger att hans team letade efter holistiska förändringar över genomet orsakade av dessa mutationer.
De kartlade sedan alla gener som finns i dessa cancerceller för att ta reda på hur proteiner som tillverkas av dessa gener påverkar patienternas överlevnad. Gener bär instruktioner för att göra proteiner, och nivån av genuttryck ökar eller minskar mängden protein som gener gör. Dessa resulterande proteiner kan dramatiskt påverka biologiska processer som cancer.
Forskarna observerade att nivåerna av proteiner i olika cancerformer varierade mycket, vilket förstärker behovet av personlig cancerbehandling baserad på de unika egenskaperna hos en patients tumör, säger de.
Forskarna fann att mer än 2 000 gener hade olika effekter på en patients överlevnad beroende på cancertyp och var tumören fanns i kroppen. I vissa fall var gener som var mer uttryckta associerade med bättre patientresultat, och andra förutspådde sämre utsikter för patienter. Resultaten är detaljerade idag i journalen Vetenskap .
Uhlén och hans team identifierade en annan uppsättning av mer än 2 000 gener som potentiellt skulle kunna döda tumörtillväxt men säger att att påverka de flesta av dessa mål med läkemedel skulle sannolikt ha allvarliga biverkningar för patienter. Av dessa förutspår de 32 gener som finns i mer än 80 procent av tumörerna, oavsett cancertyp, representerar läkemedelsmål.
Tidigare har forskare fokuserat på att använda DNA-sekvensering för att identifiera genetiska mutationer involverade i cancer. För att göra denna nya atlas använde forskare RNA-sekvensering för att förstå hur gener förändras när de drabbas av cancer.
John Leite, vice vd för onkologi vid gensekvenseringsföretaget Illumina, säger att massor av biologisk information kommer att behövas för att förstå de underliggande mekanismerna som driver cancerbildning och i slutändan gör det möjligt för forskare och läkare att förutsäga de bästa terapialternativen för patienter. Det är där denna nya atlas kan hjälpa.
Nicolas Robine, biträdande chef för beräkningsbiologi vid New York Genome Center, säger att atlasen kommer att vara en användbar resurs för forskare, men sa att den inte kan ge ett definitivt, automatiserat svar till läkare som undrar hur en patients cancer kommer att utvecklas. Det är inte som att du kopplar in din uttrycksprofil och den talar om för dig om du har ett bättre eller sämre resultat.
Atlasen är en del av ett svenskt program som startade 2003 med syfte att kartlägga alla mänskliga proteiner som tillverkas av kroppens cirka 20 000 eller fler gener.