211service.com
Den brittiska regeringen väljer Illumina för att sekvensera 100 000 genom
Den brittiska regeringen säger att den planerar att anlita det amerikanska gensekvenseringsföretaget Illumina för att sekvensera 100 000 mänskliga genom i vad som är det största nationella projektet för att avkoda en befolknings DNA.
Genmaskin: Ett sekvenseringsinstrument från Illumina kan avkoda ett genom på en dag.
I en myndighetsanmälan med U.S. Securities and Exchange Commission sa Illumina att det hade valts ut som den föredragna partnern för projektet på 100 miljoner pund.
Genomics England bekräftade att man valt företaget i Kalifornien för att genomföra sekvenseringsprojektet. Vi har gått igenom 'bake-off'-processen för att hitta rätt företag för att göra sekvenseringen och kommer nu att gå in i detaljerade förhandlingar, säger Vivienne Parry, talesperson för Genomics England.
Illuminas sekvenseringsinstrument dominerar marknaden för att rensa upp DNA (se 50 smartaste företag). Parry säger att färre än fem andra företag bjuder på jobbet, ett av de största sekvenseringsprojekten som någonsin genomförts.
Vissa andra länder överväger också stora nationella sekvenseringsprojekt. U.K.-projektet kommer att fokusera på människor med cancer, såväl som vuxna och barn med sällsynta sjukdomar. Eftersom alla britter är medlemmar i National Health Service, förväntar sig projektet att kunna jämföra DNA-data med detaljerade centraliserade hälsojournaler (se Why the U.K. Wants a Genomic National Health Service).
Medan antalet genom som ska sekvenseras är 100 000, är det totala antalet britter som deltar i studien mindre, cirka 70 000. Det beror på att Genomics England för cancerpatienter har för avsikt att få sekvensen för både deras ärftliga DNA och deras cancerformer.
Genomics England började prata tidigt i år med potentiella budgivare, inklusive det kinesiska företaget och Illumina-konkurrenten BGI (se Inside China’s Genome Factory). Vid den tiden var den genomsnittliga kostnaden för att färdigställa ett genom cirka $3 000 till $4 000.
Att färdigställa alla 100 000 genom skulle ha kostat mer än dubbelt så mycket som Genomics Englands budget. Byrån sa i december att den hade för avsikt att använda sin förhandlingskraft för att få ner priserna.
Illumina reagerade genom att släppa ett nytt system, Hiseq X Ten, som den säger skulle kunna sekvensera genom för $1 000 vardera, och korsa en efterlängtad prisbarriär (se Har Illumina det första $1 000-genomet?).
Det systemet är faktiskt 10 maskiner, var och en kostar 1 miljon dollar. Genom att kräva att köpare skulle investera minst 10 miljoner dollar i utrustning, såg Illumina till att de lägre kostnaderna för dess nya system inte i stor utsträckning påverkade priserna i andra delar av sekvenseringsmarknaden, samtidigt som det lät det fånga stora nationella jobb som det i Storbritannien.
Enligt användare av det nya Illumina-systemet är priset per genom fortfarande närmare 2 000 $ än 1 000 $.
Parry säger att Illumina kommer att utföra sekvenseringen på uppdrag av Genomics England, och att de två skulle slutföra förhandlingar under de kommande två veckorna. Det är ett enormt spännande projekt som ligger på kanten av tekniken. Det är inget som folk har gjort tidigare, säger Parry. Vi kommer att vara vid gränserna för tekniken.
[Uppdatering 7/12/14: Illumina kommer att utföra sekvensering på uppdrag av Genomics England av 100 000 genom. En tidigare version av den här artikeln sa felaktigt att Genomics England hade för avsikt att sekvensera DNA från 100 000 distinkta individer och att det skulle göra det själv med instrument köpta från Illumina.]